最初宝剑骑士团的全名为“宝剑利沃尼亚兄弟骑士团”。组织架构完从上至下共分为二个等级。
第一级：贵族骑士，由参与殖民的各德意志贵族组成，每名骑士辖下数十名武装侍从；
第二级：普通侍从，包括效忠骑士团的民兵，以及服侍贵族的见习骑士和扈从。
这其中，作为骑士团之首的无疑是“宝剑骑士大团长”，拥有整个骑士团的最高权威，即是军队的总司令，又是最高行政长官。其次便是副团长、主帅、区队长、骑士等下级骑士军官。
不过有一点值得注意，由于宝剑骑士团是主教阿尔伯特一手组建的，所以教皇同意阿尔伯特独立指挥骑士团，也就是，宝剑骑士团需要听命于主教阿尔伯特，这与其他骑士团直接听命教皇不同，所以其地位自然不如三大骑士团。
随着宝剑骑士团到处征战，周围的土着势力自然十分敌视这帮骑士。公元1217年，爱沙尼亚人联合罗斯人发动反击，一支约6000人马的联军攻入了利沃尼亚。时任大团长的沃尔金当机立断，率领人数处于劣势的3000骑士团主动迎战。
双方会战于菲林森林地区。
两军布阵，宝剑骑士团以重甲骑士居中，以本土仆从为两翼，摆出决一死战架势。相比之下爱沙尼亚军成分混杂，显得凌乱不堪。
果然，在双方正式交战中，宝剑骑士团更像职业军团，而爱沙尼亚联军则如同匆忙上阵的民兵，鏖战不久，宝剑骑士团左翼率先突破右翼斩杀敌军指挥官。
此后数十年里，宝剑骑士团越战越勇，他们凭借自身优秀的战斗素养，以及来周围势力的增援，不断周旋于教皇、丹麦、德意志、罗斯等国之间，拉一派打一派。
到公元1227年，宝剑骑士团联合其他三大骑士团，征服利沃尼亚大部，成为该地最大地主。
按照此发展，宝剑骑士团应该能成为声望不属于三大骑士团的第四骑士团，然而崛起过快的宝剑骑士团内部问题重重。
首先是主教的关系。随着宝剑骑士团的势力越来越大，大团长自然不再愿意屈居主教之下，于是他们公然提出独立自主的要求，这使得骑士团与主教关系恶劣，最终双方分道扬镳，阿尔伯特不再为骑士团提供支持，另外还想法设法的削弱骑士团的领地。
其次是丹麦的强势介入。看着富饶的爱沙尼亚地区，作为波罗的海强国的丹麦自然也想分一杯羹，于是他们的国王以获得骑士团征服地为条件，援助宝剑骑士团，可是双方同床异梦，丹麦妄想直接兼并骑士团的土地，骑士团却只想利用丹麦，最终双方剑拔弩张，使得来自海上的援助彻底断绝。
最后是骑士团内部问题。创业之初的骑士团披肩斩棘、艰苦朴素，但地盘越来越大之后，骑士团内部开始腐化堕落，骑士们酗酒享乐、声色犬马，再加上对当地土着的管理不善，起义时有发生，于是骑士团只好用降低或者不收税来缓和矛盾。此举令骑士团的财政严重恶化，到后来已经无力雇佣更多的军队，还欠债无数。
宝剑骑士团的问题令教皇也很是不满，于是教廷试图让条顿骑士团入主波罗的海，以取代孱弱的宝剑骑士团。事实上，作为德意志最大的骑士团，条顿骑士团的地产雄厚，完全可以支撑更大规模的征服活动，这一点是到处欠债的宝剑骑士团所不能匹敌的。
意识到问题，宝剑骑士团大团长只好向条顿骑士团寻求帮助，对方认为与其忙着治理利沃尼亚和爱沙尼亚，不如出兵攻打更加辽阔的立陶宛，并承诺会出兵支援。
结果公元1236年苏勒之战，宝剑骑士团集中7000人。由大团长沃尔金率领入侵立陶宛。结果大败包括大团长沃尔金在内的几乎所有骑士阵亡，骑士团至此没落。
苏勒之战彻底断送了宝剑骑士团，大团长及主要骑士阵亡后，条顿骑士团入住波罗的海，全盘接收了爱沙尼亚的土地，宝剑骑士团改名圣拉斐尔骑士团，沦为附庸。
法尔内斯就是圣拉斐尔骑士团团长安德烈法尔捏森的后裔，琼罗是圣米迦勒骑士团骑士，阿修雷是乌列骑士团后裔，而德意志核心的条顿骑士团余部则在革命后被改编为加百列骑士团。
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