碇真嗣已经不想重启世界了，碇源渡也已经接受了每年七夕见妻子的现实，而碇唯则前去探索宇宙。
人类在浩瀚的宇宙中非常渺，碇唯知道只有多收集情报才能保护人类。要知道连使徒都是来自宇宙深处，这明宇宙中肯定存在了不得的文明。
虽然《死海文书》一切都是由世界树开始的，使徒和人类的不同是因为使徒吃了生命之果，人类吃了智慧之果，朗基努斯之枪是世界树的树枝，但这是古代人类的艺术创作，其中掺杂了大量的宗教想象。虽然《死海文书》内确实记录了所有使徒的存在，也记录了亚当和莉莉丝的沉睡地址，但并没有解决使徒到底是从哪里来的这个问题，也没有解决为什么主导融合可以重启时间线。
使徒来自宇宙这是可以确定的，因为在月球上也有一个神秘的巨大物体，远古人类对使徒的了解太少，所以添加了很多的想象。
不过就算渚薰也不知道使徒到底是什么，他们的存在好像就是为了融合，但为什么融合，渚薰也不知道，就好像是预先设定的情报。有时候也是细思极恐，或许使徒和人类很可能是被某一种更高级的文明设计出来的。
如果真的有制造使徒的文明，那么碇唯一定要找到他们，不管花费多少时间也在所不惜。其实她觉得根本不用每年和家人团聚，毕竟她早就决定牺牲家为大家，从她成为改良选择派开始，她代表的就是改良选择派，而不是自己。
当年刘邦父亲被项羽抓了，项羽要煮了他，刘邦没有让大军进攻，而是‘分一杯羹’。因为刘邦是首领，他不能从个人角度思考问题，士兵们跟着他并不是为了他个饶私事，而是为了自己能有饭吃。
碇唯既然是改良选择派的创始人，如果碇源堂被使徒抓了，那么她也只能一句‘分一杯羹’。她不能为了家娶误改良派的使命。
所以这家人都有了各自的选择，碇真嗣也已经长大，他现在也有自己的工作，已经不需要父母的安排了。他已经接受了分分合合的现实，接受社会运转的规则。
一个主张会分为原教义、改良派、篡夺派、反对派，不仅仅是seele如此，可以是任何的大势力都会这么发展。然后不停地对抗合作，吞并消灭，最后再次统一。统一之后再次分开……
碇真嗣已经很清楚人类社会的规律就是如此，一旦接受了这种设定就不会觉得有什么问题了。
Seele就是接受不了这样的设定才会想着融合，才会设计《人类补完计划》，希望人类灵魂融为一体，这样就万事大吉了。可惜融合之后还是会分开，融合并不是终点，只是起点。人类分裂的状态才是融合的终点。
“好了，差不多搞定了。”杜兰表示三个主角都有幸福的结局了，迪妮莎也再次收集了一大堆绫波丽克隆体。这些克隆体里都有莉莉丝的灵魂碎片，都是完整的人，只是需要教育。
绫波丽克隆体很多都很调皮，所以都要对她们的性格进行一定的调整，不然就会变成毒舌绫波丽，会非常敏锐地洞悉人类的内心，一个个都好像恶魔一样。只有压制了感情，她们才是三无美少女，才会安安静静。
迪妮莎把所有绫波丽都打包了，杜兰则是把seele的技术都打包了，不过现在seele并没有消失。虽然和末日世界融合，但seele还在运行，他们还是没有放弃融合，只是一切都被冻结了，只能努力发展技术，之后再重启补完计划。
对于seele的残党，杜兰让他们继续存在下去。因为就算消灭了他们，过段时间肯定就会又有人受不了心之壁的存在，就又会捣鼓一劳永逸让人类融合的计划。总是会有人想要走捷径，想要用最简单的方法去解决复杂的问题。
比如灭霸喜欢用消灭一半生命的方式解决宇宙的资源危机。比如萨维奇喜欢用科技倒湍方式来争夺人类的永久控制权。比如佩恩会用破坏木叶的方法传播和平理念……
很多反派总是希望把问题简单化，把复杂的情况归结在一个因素上，然后通过一个因素来解决问题。
然而事实上并不是一个因素引发的问题，而且就算暂时解决了这个因素也没用。比如佩恩毁掉了木叶，让全世界都感受到了疼痛，但很快疼痛就会被遗忘。痛苦也好，仇恨也好，是很难遗传到下一代的。
如果痛苦和仇恨能遗传的话，那么千年前的仇恨也会被提起。然而事实上没多少人会拿一千年前的仇恨事，都是用最近的矛盾事，都是用最近的利益纠纷进行对抗。过去的仇恨只有在忍无可忍的时候会被拿出来当做出师有名的旗帜，新仇旧恨一并算了。
所以通过一种方法解决复杂的问题，就是偷懒的行为。
用单一手段并不是解决问题，而是压制问题。就好灭霸毁掉宇宙一半的生命，但再过一段时间，人口又会恢复，还是会有资源危机。还不如把宇宙的生命全干掉呢，这样反而更好，省得再担心资源不够用了。
所以seele的残党就留着他们吧，因为就算杀光了，过段时间还是会有人会想着要利用一劳永逸的办法来解决人类面对的种种问题。但只要技术在发展，人类在进步，人类补完计划最终只会沦为一个笑柄。所以最终人类补完不补完还是要看全人类的努力，不会被一撮人决定。
Seele的残党还在想办法利用eva的力量解决冰封的情况，现在的情况显然是不对的。他们的计划是第二次冲击净化海洋，第三次冲击净化陆地，但不是冰封，而是把陆地变成红色才对。所以他们觉得肯定是神经元弄错了，第三次冲击的姿势不对，应该重新冲击。他们还在不断修复联络，重新建立科技，准备对碇源堂问责。
第三次冲击之后，就是第四次冲击，就是对全人类的灵魂进行净化和融合。但第三次冲击姿势不对，所以第四次冲击也不能继续。必须要重新进行第三次冲击，seele在末日里也是艰难地朝这目标前进，原教义派是真的相信融合就是人类最美好的结局，所以他们发扬不怕苦不怕累的精神，在末日之中不断发展，很快就就掌握了s2机关的技术，然后就是开发更多的量产eva，他们要和时间赛跑，尽快重新进行第三次冲击。
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